Le drapeau de l'Elbe est blanc, traversé par une bande rouge diagonale, parsemée de trois abeilles.

Le drapeau, dont la préparation fut ordonnée par Napoléon alors qu'il se trouvait encore à bord de la frégate anglaise Undaunted, fut hissé à Portoferraio sur le Fort Stella le 4 mai 1814, le jour du déparquement de l'Empereur sur l'île, où il séjourna pendant dix mois.

Plusieurs interprétations ont été données à la présence des abeilles, depuis le symbole du labeur, du travail jusqu'à celui du symbole royal. En réalité, le symbolisme des trois abeilles sous l'Empire de Napoléon avait un sens bien précis, comme l'a illustré Gloria Peria, directrice des Archives historiques des Communes de l'Île d’Elbe, à travers ses recherches.

L'abeille était chère à Napoléon ; on pense qu'il l'avait choisie comme symbole afin de créer une forme de lien avec la dynastie des Mérovingiens. En effet, une abeille en or fut retrouvée dans la tombe du roi Childéric. De même, dans la civilisation de l'Egypte antique, l'abeille occupait une place importante au sein du pouvoir, et symbolisait l'obéissance et la fidélité. Napoléon attribuait le symbole des trois abeilles aux villes particulièrement fidèles, dépassant généralement les 13.000 habitants (et l'Elbe avait à peu près cette population à l'époque) qui étaient surnommées les "Bonnes villes".

Ainsi, attribuer à l'Elbe le symbole des trois abeilles signifiait par conséquent que l'Empereur souhaitait donner à l'île un sens d'unité sous son règne, même si au niveau administratif, le territoire fut ensuite organisé en mairies (quelques mois après son arrivée, Napoléon divise le territoire en 10 municipalités). Le drapeau de l'Elbe rencontra un grand succès à tel point que, comme l'écrit Pons de l'Hérault dans Souvenirs et anecdotes de l'Île d’Elbe, les pirates barbares le saluaient en passant, y voyant le symbole de leur héros guerrier, Napoléon en personne.